O assédio de Florença em 1530 causou muitos inconvenientes e destruições à cidade, que após o retorno de Alessandro de 'Medici, em julho de 1531, foi reconstruída e fortificada. Em muitos lugares são erguidas novos tratos de muro, os abrigos temporários construídos por Michelangelo são demolidos e o sistema defensivo é reforçado pela construção de fortalezas, como a Fortezza da Basso, projetada por Antônio da Sangallo o Jovem, após a recusa de Michelangelo. Em 1537, o jovem duque Alessandro foi assassinado e sucedido por Cosimo de 'Medici, que nos anos seguintes reconstruiu o interior do Palazzo Vecchio, reorganizando a área do Palazzo Pitti (comprada com o dote de sua esposa Eleonora di Toledo em 1549), o estrutura do Novo Mercado do Peixe, o grande complexo da Uffizi, a ponte Santa Trinita e numerosas casas e fortalezas fora de Florença.
A adesão de Vasari às necessidades de planejamento de Cosimo iniciam em 1560 com a construção do Uffizi, concebida como um local unitário de residência e representação dos principais magistrados florentinos, retirados de suas sedes originais e colocados, um ao lado do outro, sob o controle direto do Duque, instalado no Palazzo Vecchio (o nome Uffizi, que hoje se refere principalmente ao edifício que abriga o grande museu florentino, significava simplesmente "escritórios").
Com este novo edifício, Vasari qualifica o centro simbólico da antiga Florença, inserindo um novo complexo moderno e aderente à Renascença estética e, ao mesmo tempo, constrói uma sede funcional para os treze magistrados. O corredor longo do Uffizi é inserido na Piazza della Signoria, por um lado, e por outro abre através de uma serliana ao Arno favorecendo, assim, uma visão dupla: a do Palazzo Vecchio permaneceu inalterada na sua aparência medieval, profundamente significativo para o cidade, e com um fundo teatral, a vista sobre o rio, que descende diretamente das cenografias dos espetáculos.
Os dois edifícios construídos ao longo do roteiro com arcadas no nível inferior porque o espaço central era uma parte integrante do projeto original, uma verdadeira praça ou ‘sala’ necessária para as atividades diárias dos magistrados (agora o corredor perdeu esta função pública e se tornou um eixo do tráfego de pedestres entre a Piazza della Signoria e o Lungarno).
Na raiz do projeto de Vasari para a área de Uffizi pode encontrar inspirações na Piazza San Marco em Veneza e Campidoglio de Michelangelo: modelos aqui reelaborados em escala menor, porque a estrutura compacta do antigo centro fiorentino não permitiu, até mesmo para Cosimo , uma vasta política de expropriação e demolição. O piso superior do Uffizi foi destinado para uso privado do Duque, mas ainda não para as coleções de arte do Medici, que foram trazidas somente após a reconstrução por Buontalenti, encomendado por Francisco I, por volta de 1584. Outra intervenção liga os nomes de Cosimo I e Vasari ao Uffizi: a construção de um caminho secreto elevado entre o Palazzo Vecchio e o complexo Palazzo Pitti, além do Arno, coligado diretamente às muralhas de Florença.
